微生物發酵飼料是近幾年興起的新型環保型飼料，具有提高飼料利用率、增強畜禽健康水平、改善養殖環境、保障畜產品安全等重要作用，在養殖業中具有廣泛的應用前景，已經得到社會各界的廣泛認同和重視。文章綜述了微生物發酵飼料的作用機理及其在畜禽養殖中的應用，探討了當前微生物發酵飼料在生產和應用中存在的問題及發展前景。
當前用于發酵飼料生產的菌種主要有酵母菌、芽孢桿菌、乳酸菌和霉菌等幾類。這些種類微生物主要具有以下功能：能夠分泌大量的蛋白酶、纖維素酶、半纖維素酶等酶類，能夠快速分解底物，促進營養物質的消化吸收；產生核苷酸、維生素等物質，增加飼料的營養成分和價值；能夠增強動物的免疫力，提高動物抵抗病原菌等的侵染能力。乳酸菌在發酵飼料中是應用的比較多的一類細菌，常見的有30多種，包括同型乳酸菌、異型乳酸菌、兼性乳酸菌和雙氣乳酸菌等幾類。其在發酵過程中能夠迅速產生乳酸，使發酵底物快速酸化，有效防止梭菌等有害雜菌的污染，抑制發酵底物變質。在發酵飼料中應用的酵母菌主要有20多種，包括釀酒酵母、假絲酵母、畢赤酵母等，在發酵過程中產生天然的酵母香味，增加飼料的適口性。應用的芽孢桿菌有將近10多種，主要包括枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌和蠟樣芽胞桿菌等，芽孢桿菌在發酵過程中能夠產生大量的抗生肽，有效抑制一些病原菌的生長繁殖。同時酵母菌和芽孢桿菌能夠迅速消耗發酵底物的氧氣，為乳酸菌的生長繁殖提供厭氧環境，促進乳酸菌的繁殖生長。應用的霉菌有將近10種，主要有黑曲霉、白地霉和米曲霉等，這些霉菌在發酵過程中能夠產生大量的纖維素酶、淀粉酶、果膠酶、蛋白酶、植酸酶等酶類，有效分解發酵底物，同時霉菌菌體蛋白也很豐富，可以達到20%~30%。
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